Systém tepelného čerpadla vodného zdroja sa líši od systému tepelného čerpadla pôdneho zdroja v tom, že ide o otvorený cyklus, ktorý využíva vodu zo studne na vykurovanie alebo chladenie vášho domova. V lete odvedie teplo vašej domácnosti do vody a v zime teplo z vody odovzdá do vašej domácnosti.

V posledných rokoch boli bežné slučky systému tepelných čerpadiel s otvoreným zdrojom vody, ale po určitej dobe prevádzky teraz dominuje uzavretá slučka systému tepelného čerpadla so zdrojom vody. Čiastočne je to spôsobené výraznými zlepšeniami technológie systému pôdnych tepelných čerpadiel, čiastočne ekologickými a geologickými problémami spojenými s nadmerným využívaním vodných tepelných čerpadiel v niektorých oblastiach. Doteraz je systém tepelného čerpadla voda stále dobrou voľbou, ak prejdete EIA a získate povolenie na vodu.

Postupom času je potrebné vyčistiť výmenník systému tepelného čerpadla vodného zdroja, čo však predraží neskoršie používanie. Frekvencia požadovaného čistenia určí, či sú takéto studne k dispozícii. Vo väčšine prípadov je najlepšie použiť uzavretú slučku tepelného čerpadla zdroja vody, aby ste znížili nepohodlie spojené s čistením slučky tepelného čerpadla zdroja.

Náklady na čerpanie studne ovplyvňujú aj dostupnosť systému tepelného čerpadla vodného zdroja. Hlavné náklady na čerpanie studňovej vody spočívajú v tom, že studničná voda sa pôsobením vodného čerpadla zdvíha do hlavnej strojovne. V tomto čase vzniká požiadavka na výkon čerpadla. Ak je studničná voda hlboká a vzdialenosť je dlhá, výkon čerpadla je väčší; v opačnom prípade je prietok menší. Okrem výkonu čerpadla existuje jeden, ktorý predstavuje náklady na čerpadlo. Stabilné a účinné čerpadlo bude stáť tiež veľa.