Tvrdá voda obsahuje vysoké koncentrácie vápnika, horčíka a iných minerálnych solí, ktoré pri zahrievaní a odparovaní môžu vytvárať usadeniny vodného kameňa na povrchoch výmenníkov tepla vodou chladeného kondenzátora. Tento vodný kameň časom pôsobí ako izolačná bariéra medzi chladiacou vodou a kovovými povrchmi kondenzátora, čo zhoršuje účinnosť výmeny tepla. Keď vodný kameň hustne, vyžaduje sa viac energie na dosiahnutie rovnakého chladiaceho účinku, čo vedie k zníženiu účinnosti systému, vyšším prevádzkovým nákladom a zvýšenému opotrebovaniu systému. Nárast vodného kameňa môže tiež viesť k zníženiu prietokovej kapacity v kondenzátore, čo má za následok vyššie tlaky a teploty. Na boj proti týmto účinkom mnohé vodou chladené kondenzátory používajú zmäkčovače vody, ktoré odstraňujú ióny vápnika a horčíka, alebo používajú chemikálie proti usadzovaniu vodného kameňa na zamedzenie tvorby vodného kameňa.

Kvalita vody s extrémnymi úrovňami pH (buď príliš kyslá alebo príliš zásaditá) môže viesť ku korózii kovových komponentov v vodou chladený kondenzátor . Voda s nízkym pH (kyslá) môže spôsobiť oxidáciu kovových povrchov, čo vedie k hrdzaveniu a oslabeniu štrukturálnej integrity kondenzátora, zatiaľ čo voda s vysokým pH (alkalická) môže spôsobiť alkalickú koróziu, ktorá rozbíja kovové povrchy. Prítomnosť chloridov, ktoré sa často nachádzajú v morskej vode alebo priemyselnej chladiacej vode, môže urýchliť jamkovú koróziu, čo vedie k lokalizovanému poškodeniu. Aby sa zabránilo korózii, voda by mala byť upravená tak, aby sa udržal optimálny rozsah pH, ​​zvyčajne medzi 7 a 8,5, čo je ideálne na zabránenie kyslej aj alkalickej korózie. Inhibítory korózie, ako sú fosfáty, zlúčeniny zinku alebo kremičitany, sa bežne používajú v spojení s pravidelným testovaním vody, aby sa zabezpečilo, že kvalita vody je v rámci tolerovateľných limitov.

Vodné zdroje, ktoré obsahujú usadeniny, nečistoty alebo iné častice, môžu viesť k upchatiu a upchatiu v potrubných systémoch vodou chladeného kondenzátora a výmenníkov tepla. Tieto pevné častice môžu brániť toku vody, čím sa znižuje jej schopnosť odvádzať teplo z kondenzátora. Znížený prietok zvyšuje tlak vo vnútri kondenzátora a znižuje jeho celkovú chladiacu účinnosť. Postupom času môže akumulácia sedimentu viesť k abrazívnemu opotrebovaniu vnútorných komponentov, čo ďalej zvyšuje potrebu údržby a možnosť zlyhania. Na zmiernenie týchto problémov sa na vstupných miestach vody zvyčajne inštalujú filtračné systémy alebo sitá, ktoré zachytávajú veľké častice predtým, ako vstúpia do kondenzátora. Tieto systémy sú určené na odstraňovanie piesku, bahna a iných nerozpustených látok, ktoré by mohli poškodiť vnútorné komponenty alebo znížiť výkon.

K biologickému znečisteniu dochádza, keď sa na teplovýmenných plochách kondenzátora hromadia mikroorganizmy, ako sú baktérie, riasy a huby. Ak sa tieto mikroorganizmy nekontrolujú, môžu vytvárať biofilm, ktorý funguje ako izolačná vrstva, ktorá výrazne zhoršuje prenos tepla. Biofilm tiež podporuje koróziu a upchávanie, čím ďalej znižuje účinnosť systému. Biologické znečistenie je bežnejšie v systémoch využívajúcich povrchovú vodu (rieky, jazerá alebo morská voda), ktoré majú vyššie hladiny organického materiálu. Rast rias je obzvlášť problematický, pretože môže blokovať prietok vody a viesť k zvýšenej spotrebe energie, pretože systém kompenzuje zníženú účinnosť prenosu tepla. Na boj proti biologickému znečisteniu systémy na úpravu vody často obsahujú chemické biocídy (ako sú zlúčeniny na báze chlóru, brómu alebo medi), ktoré zabíjajú mikroorganizmy skôr, ako dokážu vytvoriť biofilm. Ošetrenie ultrafialovým (UV) svetlom je ďalšou ekologickou možnosťou na zabránenie rastu mikróbov.